[필자 註]
기업은 세무분야의 업무를 진행하는 과정에서 수정신고, 경정청구, 기한 후 신고 등을 해야할 상황이 수
시로 발생할 수 있다. 2011년 현재 수정신고, 경정청구, 기한 후 신고와 관련된 법령규정과 관련해석 사
례를 검토하기로 한다.
  

[1]  수정신고제도

I.  수정신고의 개념·법적 성격

1.  수정신고제도의 개념 

 수정신고제도란 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자가 세법에 의하여 신고하여야 할 과세
표준과 세액에 미달하게 신고하거나, 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액을 초과하여
신고한 경우에 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전까지 과세표준수정신고
서를 제출할 수 있는 제도를 말한다.

2.  수정신고제도의 법적 성격 

 신고납세제도하의 조세에 대한 수정신고의 법적성격은 사인의 공법행위로서 준법률행위인 통지행위에
속한다. 그러나 정부부과제도하의 조세에 대한 수정신고는 단순한 협력의무의 추가적 이행이고, 수정신
고가 납세의무를 확정시키는 효력은 없다.

II.  수정신고의 요건

1.  수정신고자 적격 

 과세표준신고서를 법정 신고기한내에 제출한 납세의무자만이 수정신고할 수 있다. 따라서 당초에 신고
하지 아니한 자는 수정신고를 할 수 없으나, 적법하게 신고후 상속이나 합병으로 그 납세의무를 승계한
경우에는 상속인 또는 합병법인은 당연히 수정신고가 가능하다.

2.  수정신고의 대상 

 수정신고는 다음과 같이 당초에 과소신고를 한 경우에 할 수 있다[국기법45①].
 ① 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액에
     미달하는 때,
 ② 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는
     환급세액을 초과하는 때이다.
 ③ 상기① 및 ②외에 원천징수의무자의 정산 과정에서의 누락, 세무조정 과정에서의 누락 등 일정한
사유로 인하여 불완전한 신고를 한 때(국세기본법 제45조의2의 규정에 의하여 경정등의 청구를 할 수
있는 경우를 제외한다)

일정한 사유란 세무조정 과정에서 법인세법 제36조 및 제37조의 규정에 의한 국고보조금 등 및 공사
부담금에 상당하는 금액을 익금과 손금에 동시에 산입하지 아니한 경우를 말한다.

한편 이러한 미달신고의 원인은 고의 또는 과실에 기인한 것인지를 묻지 아니한다.

3.  수정신고의 기한 

 과세표준수정신고는 과세관청이 세법규정에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하
여 통지하기 전까지 제출할 수 있다. 이것의 의미는 정부부과제도의 세목은 결정하여 통지하기 전까지,
신고납세제도의 세목은 경정하여 통지하기 전까지 당초의 신고내용을 수정하여 신고할 수 있다는 것으
로 해석된다. 그런데 만일 결정 또는 경정이 없다면 제척기간이 만료되기 전까지 수정할 수 있을 것이다.

III.  수정신고의 절차와 추가자진납부

1.  수정신고의 절차 

 수정신고는 당초신고한 과세표준과 세액, 수정신고 하는 과세표준과 세액 및 기타 필요한 사항을 기재
한 과세표준수정신고 및 추가자진납부계산서에 의한다. 그리고 수정한 부분에 관하여 당초의 과세표준
신고서에 첨부하여야 할 서류가 있는 때에는 이를 수정한 서류를 첨부하여야 한다. 이러한 수정신고서
는 수정신고 당시 납세지를 관할하는 세무서장에게 제출하여야 한다. 그러나 관할을 위반한 경우에도 그
효력에는 영향이 없다.

2.  추가자진납부 

 수정신고를 하는 납세자는 과세표준신고시 이미 자진납부한 세액이 수정신고세액에 미달하는 때에는
그 부족분과 세법이 정하는 가산세를 수정신고서 제출과 동시에 추가납부 하여야 한다. 기한내에 수정신
고를 하고 추가자진납부를 하지 않는 경우에도 수정신고의 효력에는 영향이 없으며, 다만 가산세감면은
적용하지 아니한다[기본법46②].

IV.  수정신고의 효력 

1.  수정신고의 확정력 

 신고납세제도를 채택한 국세의 경우에는 당초의 신고가 확정력을 가지므로 수정신고도 당연히 확정의
효력을 갖는다. 그러나 정부부과과세제도를 채택한 국세는 당초의 신고도 확정력이 없었으므로 수정신
고도 단순한 협력의무의 추가적 이행일 뿐 확정의 효력은 없다. 이러한 확정력의 유무는 추가자진납부
의 이행과는 관련이 없다.
[주]: 현행 세법에서 상속세 및 증여세를 제외하고는 대부분의 세목이 신고납세주의세목이다.

2.  가산세 감면의 효력 

과세표준신고서를 법정신고기한 경과후 2년 이내에 제출한 경우 다음과 같이「과소신고 가산세·초과
환급신고가산세·영세율 과세표준불성실 신고가산세」를 경감한다(2008.12.26.개정). 그러나 추가자
진납부를 하지 않은 때에는 가산세 감면규정을 적용하지 아니한다[기본법46②]. 다만, 당초신고에 대
해 경정할 것을 미리 알고(“세무공무원이 조사에 착수한 것을 알고”) 수정신고서를 제출한 경우에는
가산세의 감면을 배제(수정신고의 효력에는 영향이 없음)한다[기본법 시행령29].

(1)  수정신고시기에 따른 감면율의 차등 적용

① 법정신고기한이 지난 후 6개월 이내에 수정신고한 경우에는 50%
② 법정신고기한이 지난 후 6개월 초과 1년 이내에 수정신고한 경우에는 20%
③ 법정신고기한이 지난 후 1년 초과 2년 이내에 수정신고한 경우에는 10%에 상당하는 금액을 감면
    한다. (2008.12.26. 단서신설)

(2)  가산세 감면의 적용대상이 되는 가산세의 범위

 국세기본법 제47조의 3[과소신고가산세] ㆍ제47조의 4[초과환급신고가산세] 및「부가가치세법」
제22조 제7항[영세율신고불성실가산세]에 따른 가산세에 한하여 감면을 적용하며, 과세표준수정신고
서를 제출한 과세표준과 세액에 관하여 경정이 있을 것을 미리 알고 제출한 경우를 제외한다.

(3)  가산세의 감면 등에 관한 적용례

 가산세 감면관련 개정규정은 2009년1월1일 이후 최초로 수정신고하는 분부터 적용한다[2008.12.26  
제9263호 개정 부칙1,4]. 따라서 2009년1월 현재 법정신고기한 후 2년이 경과되지 않은 신고에 대해서
는 수정신고를 하는 경우에 신고불성실 가산세 및 영세율과세표준 신고불성실 가산세 감면규정을 적용
받을 수 있다.

V.  수정신고 관련 해석사례

(1)  추가자진납부세액 중 일부납부의 효력 

 추가자진납부하여야 할 세액 중 일부만 추가자진 납부한 경우에는 일부 추가자진납부에 의하여 수정
된 범위안에서 국세기본법 제49조(수정신고에 의한 가산세감면)의 규정을 적용한다[기본법 통칙45－0
…2].  개정된 국세기본법에서도 국세를 추가하여 납부하여야 할 자가 이를 납부하지 않는 경우에는 수
정신고에 의한 가산세 감면규정[국세기본법 제48조 제2항 제1호]을 적용하지 않는 것으로 규정하고 있
다[기본법46②].

(2)  자산과 부채를 동시에 누락한 경우에 대한 수정신고 

 과거 사업연도분에 대하여 법인세신고를 완료한 법인이 당해 신고 내용 중 법인의 자산 및 부채가 장부
상 동시에 누락된 경우, 자산 및 부채의 누락이 지방세를 적게 납부하기 위한 의도 등이 있었다 하
더라도 관련증빙 등에 의해 그 거래금액이 명백히 입증되는 경우에는 이를 세무조정으로 익금 또는 손
금에 산입하여「국세기본법」에 의한 절차에 따라 수정신고 등을 하는 것임[서면2팀-964, 2007.05.18.].

(3)  국고보조금 관련 수정신고 

 법인이 ‘국고보조금’에 대한 익금과 손금을 동시에 산입하지 않은 경우에는 수정신고할 수 있는 것임[서
이46012－11042, 2003.5.23.].

(4)  재무제표를 정정한 수정신고 

① 법인이 신고한 과세표준신고서에 기재된 법인세 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할
과세표준 및 세액에 미달하는 때에는 국세기본법 제45조의 규정에 의하여 수정신고할 수 있는 것이나,
과세표준 및 세액의 변동 없이 당초 제출한 재무제표만을 정정하여 수정신고할 수 없는 것임[법인46012
－1880, 1999.5.19.].
② 「국세기본법」제45조(수정신고) 또는 제45조의 2(경정 등의 청구)에서 규정하는 요건에 해당하는
경우 수정신고 또는 경정 등의 청구를 할 수 있는 것이나, 적법한 절차에 따라 결산을 확정하고 과세표
준신고를 한 후에는 당초의 확정된 재무제표를 정정하여 수정신고를 하거나 경정 등의 청구를 할 수 없
는 것임[서면1팀-47, 2008.01.1.].

(5)  전기손익 수정회계처리와 수정신고 

 법인이 판매장려금의 수령에 대한 회계처리방법을 변경함에 따라 재고자산의 평가금액이 달라지게 되
어 당기 이전의 사업연도에 대한 손익을 전기손익수정손익으로 처리한 경우, 법인세 과세표준 신고는 실
제 평가금액이 달라진 각각의 사업연도별로 구분하여 수정신고 또는 경정청구를 하여야 하는 것임[서이
－629, 2005.5.2.].

(6)  과세소명자료 안내를 받고 수정신고한 경우 

과세자료 해명안내문을 받고 한 수정신고의 경우에는 경정이 있을 것을 미리 안 경우에 해당한다고 할
것이므로 청구법인이 과세자료 해명안내문을 받은 후에 수정신고하면서 익금산입액 상당액을 사내유보
로 처분한 데 대하여 처분청이 사내유보를 부인하고 동 익금산입액 상당액을 청구법인의 대표자에게 상
여로 소득처분하여 소득금액변동통지한 후 고지한 처분에는 잘못이 없다[국심2006중409, 2006.6.22.].

(7)  양도차익 계산방법변경에 의한 수정신고 인정여부 

양도차익계산방법의 변경[“기준시가”에 의하여 신고를 한 후, “실지거래가액”방식으로 수정신고한 사
례]은 수정신고대상이 되지 않으므로 수정신고를 거부한 처분은 정당하다고 해석한 사례가 있다[ 국심
2004서3290, 2005.3.10.].

(8)  수정신고와 중소기업 특별세액감면 

 ① 법인이 관할세무서장으로부터 과세자료 소명안내문을 송달받은 후 과소신고소득금액을 「국세기본
법」제45조의 규정에 의하여 수정신고하는 경우에는 「조세특례제한법」제128조 제3항 규정의 감면배
제사유에 해당하지 아니하는 것임[서이－6, 2006.1.3.].

 ② 「소득세법」제80조 제2항 또는 「법인세법」제66조 제2항의 규정에 의하여 경정을 하는 경우와 「
국세기본법」제81조의 6의 규정에 의한 세무조사 사전통지를 받은 후 수정신고를 하는 경우에는 과소
신고금액에 대하여 「조세특례제한법」제128조 제3항의 규정에 의하여 중소기업특별세액감면을 배제
하는 것이나, 법인이 과소신고소득금액을 경정이나 세무조사 사전통지 전에 수정신고한 경우에는 「조세
특례제한법」제128조 제3항의 감면배제규정을 적용하지 아니하는 것임[서일－496, 2007.4.17.].
[주]: 관할세무서장으로부터 과세자료 소명안내문을 송달받은 후 과소신고소득금액을 「국세기본법」
제45조의 규정에 의하여 수정신고하는 경우, 「세무조사 사전통지를 받은 후 수정신고」하는 것이 아
니므로 조세특례제한법 제128조 제3항의 감면배제사유에 해당하지 아니하며, 세액감면을 적용받을 수
있다.
 

[2]  기한 후 신고제도

I.  기한 후 신고의 요건 

1.  기한 후 신고대상자 : [법정신고기한내 무신고] 

 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 자는 관할세무서장이 세법에 의하여 당해 국
세의 과세표준과 세액(국세기본법 및 세법에 의한 가산세를 포함한다)을 결정하여 통지하기 전까지 기
한후과세표준신고서를 제출할 수 있다. 다만, 「자산재평가법」제15조의 규정에 따른 재평가신고의 경
우에는 그러하지 아니하다[기본법45의3①].
 2006년12월30일 개정 전에는 법정신고기한내에 신고를 하지 않은 자로서 납부하여야할 세액(가산세
를 제외한 세액)이 있는 자에게 「기한 후 신고」를 인정하였으나, 법령개정에 의하여 환급세액이 있는
자도 「기한 후 신고」를 할 수 있도록 하였다.

2.  세액의 자진 납부 

기한후과세표준신고서를 제출한 자로서 세법에 따라 납부하여야 할 세액이 있는 자는 기한후과세표준
신고서의 제출과 동시에 해당 세액을 납부하여야 한다[기본법45의3②]. 납부할 세액이 있는 자가 해당
세액을 납부하지 아니하면, 기한 후 신고의 효력이 인정되지 않는 것이다.
 

II.  기한 후 신고의 효력

1.  과세관청의 결정 

기한후과세표준신고서를 제출한 경우(납부할 세액이 있는 경우에는 그 세액을 납부한 경우만 해당한
다) 관할 세무서장은 세법에 따라 신고일부터 3개월 이내에 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정하여야
한다. 다만, 그 과세표준과 세액을 조사할 때 조사 등에 장기간이 걸리는 등 부득이한 사유로 신고일부
터 3개월 이내에 결정할 수 없는 경우에는 그 사유를 신고인에게 통지하여야 한다[기본법45의3③]. (2
010.1.1. 개정)
기한 후 신고시 납부할 세액이 있는 경우에 해당 세액을 납부한 경우에 한하여 기한 후 신고를 인정한
다. 또한 기한 후 신고는 납세의무를 확정하는 효력이 없으므로 과세관청이 과세표준과 세액을 결정하
여야 한다.

2.  가산세의 감면 

법정신고기한이 지난 후 국세기본법 규정에 따라 기한 후 신고ㆍ납부를 한 경우에는 다음 각각의 구분
에 따라 국세기본법 제47조의2에 따른 무신고가산세를 감면한다(기본법48②).

 ① 법정신고기한이 지난 후 1개월 이내에 기한 후 신고ㆍ납부를 한 경우 : 해당 가산세액의 50%에 상당
     하는 금액
 ② 법정신고기한이 지난 후 1개월 초과 6개월 이내에 기한 후 신고ㆍ납부를 한 경우 : 해당 가산세액
     의 20%에 상당하는 금액

기한 후 신고에 따른 「무신고가산세의 감면」은 단순무신고가산세와 부당무신고가산세에 모두 적용된다.
 [주]: 상기 ②의 개정규정[법정신고기한이 지난 후 1개월 초과 6개월 이내에 기한 후 신고ㆍ납부를
          한 경우 무신고가산세를 20%로 감면하는 규정]은 2011년1월1일 이후 최초로 기한 후 신고ㆍ납
          부를 하는 것부터 적용한다[2010.12.27. 법률 제10405호 부칙1, 5].

   이자소득만 있는 비영리법인이 법정신고기한 내에 법인세를 신고하지 아니하고 기한 후에 원천징수 이
자소득을 고유목적사업준비금으로 손금산입하여 환급신청할 수 없다[조심2009부2891, 2010.03.08.]
 

[3]  경정 등의 청구제도

I.  경정 등의 청구의 개념·취지

1.  경정 등 청구의 개념 

 경정 등 청구라 함은 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자가 과세표준과 세액을 과다하게
신고하거나, 결손금액 및 환급세액을 과소하게 신고한 경우에 법정신고기한 경과 후 3년 이내에 최초
신고 및 수정신고한 국세의 과세표준과 세액의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있는 제도
를 말한다. 즉, 경정청구는 당초에 과다신고를 한 납세의무자가 과세관청으로 하여금 정상적으로 정정
하여 결정 또는 경정하도록 청구하는 제도이다.

2.  경정 등 청구의 취지 

 이러한 경정 등의 청구제도는 과세관청의 결정 및 경정권에 대응하는 납세의무자의 권리로서 과세권
자와 납세자간의 법적 지위의 균형을 이루는 제도이다. 특히 신고납세제도하의 조세의 경우 경정 등 청
구제도는 권리구제수단으로서 중요한 의미를 지닌다.

II.  경정 등 청구의 요건

1.  신고·결정 또는 경정의 오류로 인한 경정청구 

(1)  청구자 적격

 일반적인 경우의 경정 등을 청구할 수 있는 자는 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출한자이며, 납
세의무를 승계받은 상속인 또는 합병법인도 경정 등을 청구할 수 있다.

(2)  경정 등 청구의 대상：[과대신고 · 결정 또는 경정]

 경정 등의 청구대상은 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액 또는 결손금액 및 환급세액(각 세법
의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액)이 세법
에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는(결손금 및 환급세액의 경우는 미달)경우이다.

 이 경우 결정청구는 정부부과제도를 취하는 국세를 과대신고한 경우에 적용하는 방법이며, 경정청구는
정부부과제도를 취하는 국세를 과대결정·경정하거나 신고납세제도를 취하는 국세를 과대신고·경정한
경우에 적용되는 방법으로 해석된다.

(3)  경정 등의 청구기한

1)  일반적인 경정 등의 청구기한
 일반적인 결정·경정 등의 청구기한은 법정신고기한 경과 후 3년 이내에 최초 신고 및 수정 신고한 국세
 의 과세표준과 세액의 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

2)  세무조사 등에 의하여 결정·경정이 있는 경우
세무조사 등의 결정 또는 경정으로 인하여「증가된 과세표준 및 세액」에 대하여는 해당 처분이 있음
을 안날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한
한다)에 경정을 청구할 수 있다[기본법45의2①]. (2010.12.27. 개정)

 [주]: 세무조사 등으로 증액 결정된 금액에 대하여 불복청구기간인 90일 이내에 불복을 청구하지 아니
하면 더 이상 다툼을 제기할 수 없다[不可爭力(불가쟁력)]. 따라서 해당기간이 경과하면, 3년이 경과되
지 않았더라도 경정청구를 할 수 없도록 하였다.

   · 불복청구기간 경과하여 경정 확정된 후 경정청구 불가
    처분청이 세무조사에 의하여 과세표준과 세액을 경정 또는 결정하고, 당해 경정 또는 결정에 대한 국
    세기본법상 불복청구기간이 경과하여 경정 또는 결정처분이 확정되는 경우에는 국세기본법 제45조의
    2 제1항(일반적인 경정청구)의 경정청구대상이 되지 아니함[서면1팀-1544, 2007.11.08.].

세무조사 등의 결정 또는 경정이 있는 경우에도「증가된 과세표준 및 세액」이 아닌「최초 신고 또는
수정신고분」은 법정신고기한 경과 후 3년 이내에 경정 등 청구를 할 수 있다.

 [주]: 2010년12월27일 개정세법에서 증액경정처분(증가된 과세표준 및 세액)에 대해서만 불복청구기
 간내에 경정청구를 하도록 하였다.

2.  후발적 사유로 인한 경정 등의 청구 

(1)  청구자 적격

 후발적인 사유가 있는 경우에 경정 등을 청구할 수 있는 자는 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제
출한자 또는 국세의 과세표준 및 세액 등의 결정 받은 자가 경정 등 청구를 할 수 있으며, 납세의무를 승
계받은 상속인 또는 합병법인도 경정 등을 청구할 수 있다.

(2)  경정 등의 청구대상：[후발적인 사유]

 위의 일반적인 경우의 경정 등의 청구대상 외에 다음 각각의 후발적인 사유가 발생한 경우에도 경정
등의 청구가 가능하다.

 ① 최초의 신고·결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위등이 그에
    관한 소송에 관한 판결(화해·기타행위 포함)에 의하여 다른 것으로 확정된 때
 ② 소득 기타 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있는 때
 ③ 조세조약의 규정에 의한 상호합의가 최초의 신고·결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어진 때
 ④ 결정 또는 경정으로 인하여 당해 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여
     최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과한
     때
 ⑤ 위와 유사한 후발적인 사유[국세기본법 시행령 제25조의2에서 규정한 사유]가 당해 국세의 법정신
     고기한 경과 후에 발생한 때

(3)  청구기한

 후발적 사유로 인한 경우에는 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수
있다.

(4)  후발적 사유에 의한 경정청구에 의한 결정시 제척기간 연장

 2007년12월31일 국세기본법의 개정으로「후발적인 사유에 의한 경정청구」가 있는 경우, 경정청구일
로부터 2개월이 지나기 전까지는 일반적인 제척기간 규정에 불구하고 해당 결정·판결 등 필요한 처분
을 할 수 있도록 하였다[기본법26의2②]. 부과제척기간이 경과한 경우에도 후발적인 사유로 경정청구
시에는 과세관청이 경정을 할 수 있도록 하여 납세자의 권익을 제고하고 있다. 감사원 지적에 따라 종전
국세기본통칙[45의2-0…1(경정청구는 부과 제척 기간내에만 가능하도록 한 통칙)]을 2007년1월1일 삭
제하였다.
 

III.  경정 등 청구의 절차 

 결정 또는 경정의 청구를 하고자 하는 자는 경정청구기한 내에 ① 청구인의 성명과 주소 또는 거소, ②
결정 또는 경정 전후의 과세표준 및 세액, ③ 결정 또는 경정의 청구를 하는 이유, ④ 기타 필요한 사항을
기재한 결정 또는 경정청구서[국세기본법 시행규칙(별지 제16호의2) 과세표준 및 세액의 결정(경정)청
구서]에「최초의 과세표준 및 세액신고서사본」과 「경정청구사유를 객관적으로 입증할 수 있는 서류
」를 첨부하여 청구하여야 한다[기본법 시행규칙12의2]. (2007.4.4. 개정)
 

IV.  경정 등 청구의 효력 

1.  과세권자에 대한 청구의 효력 

 경정 등의 청구를 받은 세무서장은 청구를 받은 날로부터 2월 이내에 과세표준과 세액을 결정 또는 경
정하거나, 결정 또는 경정할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다[기본법45의2③
]. 이를 거부하거나 해태 하면 거부처분 또는 부작위처분(소극적 처분)이 되므로 경정청구를 한 자는 불
복절차를 진행할 수 있다.

2.  납세의무의 확정력 여부 

 경정 등의 청구는 과세관청에 과세표준·세액의 수정을 청구하는 절차이기 때문에, 과세표준 및 세액을
확정시키는 효력은 없다.

3.  신고납세주의 세목의 행정쟁송 전단계 절차 

 신고납세주의 세목을 납세의무자가 과대 신고하여 확정시킨 경우에는 행정쟁송을 통해 이를 구제 받
을 수 없다. 이 경우에는 과세관청의 처분·거부처분·부작위 처분 중 어느 하나도 존재하지 아니하기 때
문이다. 그러므로 이 경우에는 경정 등의 청구를 하여야만 부작위처분 또는 거부처분이 성립되어 행정쟁
송을 진행할 수 있는 것이다. 이와 같이 경정 등의 청구제도 외의 다른 권리구제수단이 허용되지 아니하
는 성질을 「경정청구의 원칙적 배타성」이라 한다.

V.  경정 등 청구관련 해석사례

(1)  세액감면을 달리 적용하는 경정청구가 가능여부 

 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 당초 신고한 과세표준 및 세액이 조세특례제한법의
적용조항을 변경하여 계산한 과세표준 및 세액을 초과하는 경우 당초 신고한 과세표준 및 세액에 대하
여 경정청구기한내에 국세기본법 제45조의 2의 규정에 따른 결정 또는 경정을 청구할 수 있는 것임[서
면1팀－725, 2005.6.22.].

(2)  제척기간과 경정청구 

1)  2007년12월31일 국세기본법 개정 전

 수정신고에 대한 경정청구는 당초의 법정신고기한 경과 후 2년(개정：3년) 이내에 하여야 하고, 2년(
개정：3년)이 경과한 경우에는 후발적사유가 발생한 것을 안 날로부터 2월 이내에의 기간에 할 수 있
으나 국세부과제척기간 내에 청구하여야 함[서면1팀－546, 2005.5.20.]

[주]: 종전의 국세청 해석에서는 국세부과의 제척기간내의 경정청구만 인정하였다.

2)  2007년12월31일 국세기본법 개정 후

2007년12월31일 국세기본법의 개정으로「후발적인 사유에 의한 경정청구」가 있는 경우, 경정청구일
로부터 2개월이 지나기 전까지는 일반적인 제척기간 규정에 불구하고 해당 결정·판결 등 필요한 처분을
할 수 있도록 하였다[기본법26의2②]. 따라서 제척기간 경과 후에도 「후발적인 사유에 의한 경정청구
」에 의한 경정청구가 가능한 것으로 판단된다.

[주]: 대법원 판례에서는 종전에도 납세의무자가 국세부과권의 제척기간이 경과한 후에도 국세기본법
제45조의 2 제2항(후발적인 사유) 제1호의 규정에 따른 경정청구를 할 수 있는 것으로 해석하고 있었
다[대법원2005두7006, 2006.01.26.].

(3)  과세관청의 회신 또는 유권해석 관련 경정청구여부 

 납세자의 질의에 대한 과세관청의 회신 또는 유권해석은 국세기본법 제45조의 2 제2항 및 같은법 시행
령 제25조의 2 각호에서 열거하고 있는 사유(“후발적 경정청구사유”)에 해당되지 않음[서면1팀－269, 2
005.3.7.].

(4)  후발적 사유가 있는 경정청구의 경우 2월의 경정청구기한이 지난 경우 

 후발적 경정청구사유가 있는 경우로 기간이 경과되었어도 국세기본법 제45조의 2 제1항[일반적인 경
정청구 기한 : 3년]의 기간이 경과되지 아니한 경우는 경정청구가 가능함[조세정책과－868, 2006.8.1
6.].

(5)  경정청구를 통한 세액공제·감면 

 법인이 세액의 감면 및 세액공제의 요건을 모두 충족을 하였으나 세액감면신청서 또는 공제신청서를
제출하지 않고 당해연도에 납부할 세액이 있어 공제ㆍ감면을 적용받을 수 있음에도 불구하고 공제ㆍ감
면을 적용받지 않은 경우에는 경정청구를 통하여 공제ㆍ감면을 적용받을 수 있는 것임[서이－543, 2007
.3.29.].

(6)  채무면제이익을 이월결손금의 보전에 충당하지 않고 법인세를 신고한 경우  

 법인이 채무면제이익을「법인세법시행령」제18조 제1항의 규정에 의한 이월결손금의 보전에 충당한
경우 당해 금액은 익금에 산입하지 아니하는 것이나, 법인이 채무면제이익을 이월결손금의 보전에 충
당하지 아니하고 법인세를 신고한 경우에는「국세기본법」제45조의 2의 규정에 의한 경정청구를 할
수 없는 것임[서면2팀-1814, 2007.10.09.].